目前通過農業部研發成果管理制度評鑑的25個單位如下列：
農業部研發成果管理制度評鑑通過評鑑單位名單(截至112.12.22)
財團法人食品工業發展研究所、財團法人工業技術研究院、財團法人台灣經濟研究院、財團法人中華榖類食品工業技術研究所、財團法人台灣香蕉研究所、財團法人農業科技研究院、財團法人金屬工業研究發展中心、財團法人醫藥工業技術發展中心、國立中興大學、國立台灣海洋大學、台北醫學大學、國立嘉義大學、國立屏東科技大學、國立台灣大學、國立成功大學、中山醫學大學、國立宜蘭大學、國立中山大學、東海大學、國立中正大學、中國文化大學、國立高雄科技大學、國立臺中科技大學、中國醫藥大學、中央研究院